Dostrzegając potrzebę zmian Dyrekcja Międzyleskiego Szpitala Specjalistycznego w Warszawie rozpoczęła starania o uzyskanie certyfikatu ISO już w 2005 roku. W tym celu wdrożono System Zarządzania Jakością wg Normy ISO 9001: 2000. Normę tę stosują organizacje, które są zdolne w sposób ciągły dostarczać wyroby czy usługi spełniające najwyższe wymagania odbiorcy, a także chcą zwiększać zadowolenie klienta poprzez skuteczne wdrożenie systemu zawierającego procesy stałego doskonalenia.
W MSSW wdrożenie Systemu Zarządzania Jakością wg Normy ISO 9001: 2000 oznaczało nie tylko zastosowanie jasnych i jednolitych uregulowań w zakresie zapewnienia niezbędnych środków i infrastruktury do dalszej działalności, ale także przyczyniło się do pozytywnego kształtowania środowiska pracy, poprawiło komunikację wewnętrzną i zewnętrzną oraz uruchomiło mechanizmy umożliwiające ciągłe doskonalenie.
W praktyce, wdrożenie Systemu polegało na opracowaniu i zastosowaniu takich procedur systemowych i operacyjnych, które uregulowałyby poszczególne obszary działalności Międzyleskiego Szpitala Specjalistycznego w Warszawie, w którym za priorytet uznaje się pacjenta, a także rozumienie i spełnianie jego potrzeb i oczekiwań.
W celu jak najlepszego nadzorowania działania Systemu utworzono stanowisko Pełnomocnika Dyrektora ds. Zarządzania Jakością, a następnie wyłoniono zespół auditorów wewnętrznych spośród pracowników Szpitala. Zbudowany w ten sposób system nadzoru pozwolił na stałe monitorowanie i doskonalenie działalności we wszystkich komórkach organizacyjnych Międzyleskiego Szpitala Specjalistycznego w Warszawie.
Proces wdrażania systemu był okresem niezwykle wytężonej pracy dla całego personelu. Wizytacja auditorów zewnętrznych akredytowanej organizacji certyfikującej oceniająca poprawność wdrożonych rozwiązań potwierdziła wysoki poziom świadczonych usług w MSSW. W konsekwencji, w 2006 roku Szpital otrzymał certyfikat ISO 9001: 2000 w zakresie lecznictwa szpitalnego, ambulatoryjnego lecznictwa specjalistycznego, podstawowej opieki zdrowotnej, diagnostyki i rehabilitacji.
W kolejnych latach wdrożony w MSSW System Zarządzania Jakością był utrzymywany i doskonalony. Poddawany był corocznemu auditowi zewnętrznemu nadzoru organizacji certyfikującej, a w odstępach trzyletnich poddawany był ocenie tejże organizacji w celu ponownej certyfikacji.
Każdorazowo organizacja certyfikująca oceniała pozytywnie System Zarządzania Jakością w MSSW, w efekcie, czego Szpital posiada ciągłość certyfikowanego Systemu Zarządzania Jakością.
Od stycznia 2015 MSSW posiada certyfikat ISO 9001:2015.
Certyfikat oprócz oczywistych zalet prestiżowych, jest jednocześnie wyrazem uznania dla dobrego funkcjonowania Szpitala, kierunków jego rozwoju, wysokich kwalifikacji personelu i doskonałego zarządzania.